La Alianza Francesa de Lima mantiene convenios de cooperación con diversas instituciones de la ciudad de Lima, tanto públicas como privadas, que contribuyen a la difusión del idioma francés y de la cultura francófona en su sentido más amplio. En el marco de esta política de relaciones interinstitucionales se establecen acuerdos con: Colegios, Universidades, Institutos Superiores, Asociaciones, Gobiernos locales, Instituciones del gobierno, Organismos Internacionales, Empresas privadas, Embajadas, Clubs....

Es especialmente en los ámbitos de la Educación Escolar y Universitaria, donde se han establecido lazos de colaboración más estrechos que continúan desde hace más de tres décadas, y que se fortalecen en la Red de Excelencia de los colegios y la Red de Afiliados de los colegios, universidades y otras instituciones.

Los convenios tienen entre otros, los siguientes acuerdos: descuentos y becas para cursos de francés, asesoría pedagógica para profesores de francés, acceso a la Mediateca y Centro de Formación Pedagógica (esta última solamente para profesores de francés), dictado de cursos de francés a nivel institucional, evaluación de francés para candidatos a profesores de francés y diversas actividades y eventos que se programan cada año.